Das SOEP begann 1983 unter der Leitung von Prof. Dr. Hans-Jürgen Krupp als Teilprojekt des seit 1979 von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Sonderforschungsbereichs 3 „Mikroanalytische Grundlagen der Gesellschaftspolitik", der an den Universitäten Frankfurt/Main und Mannheim angesiedelt war.
Krupp gab dem SOEP 1983 eine Heimat am DIW Berlin. Nachdem er das Amt des Wirtschaftssenators der Freien und Hansestadt Hamburg übernommen hatte, wurde 1988 Prof. Dr. Wolfgang Zapf, damals Präsident des Wissenschaftszentrum für Sozialforschung Berlin (WZB), für ein Jahr der wissenschaftliche Leiter des SOEP. 1989 wurde Prof. Dr. Gert G. Wagner, der unter anderem an der Technischen Universität Berlin lehrte, sein Nachfolger. Wagner und seine Kolleginnen und Kollegen entwickelten das SOEP zu einer der wichtigsten sozialwissenschaftlichen Infrastruktureinrichtungen weltweit. Dank seiner Initiative konnten direkt nach dem Fall der Mauer Menschen aus Ostdeutschland und Mitte der 1990er Jahre Aus- und ÜbersiedlerInnen in die Studie einbezogen werden.
Anfang 2011 wurde Gert G. Wagner in den Vorstand des DIW Berlin berufen, dessen Vorsitzender er zwei Jahre lang war. Die Leitung des SOEP übernahmen zunächst Joachim Frick und Jürgen Schupp gemeinsam. Nach dem Tod Joachim Fricks im Dezember 2011 war Jürgen Schupp Leiter, 2013 wurde er Direktor des SOEP und gleichzeitig Professor für Soziologie an der Freien Universität Berlin. Schupp und seine KollegInnen etablierten unter anderem erfolgreich ein Innovationspanel, erweiterten die Studie um psychologische Fragestellungen und vernetzten das SOEP verstärkt mit anderen Forschungsdateninfrastrukturen.
Stefan Liebig, Professor für Soziologie an der Universität Bielefeld, löste Anfang 2018 Jürgen Schupp als Direktor der Infrastruktureinrichtung Sozio-oekonomisches Panel ab. Darüber hinaus übernahm er Gert G. Wagners Posten als Vorstandsmitglied des DIW Berlin.
Finanziert wurde das SOEP von 1990 bis 2002 als DFG-Projekt, seit 2000 mit einer Zusatzfinanzierung durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF). Seit 2003 wird die Infrastruktureinrichtung SOEP als Serviceeinrichtung, die „in erheblichem Umfang wissenschaftliche Infrastrukturaufgaben wahrnimmt“ unter dem Dach der Leibniz-Gemeinschaft durch Mittel des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) und der Länder gefördert.
Das SOEP wurde bisher zwei Mal als Infrastruktureinrichtung vom Wissenschaftsrat begutachtet. 1994 führte die Empfehlung des Wissenschaftsrates zu der institutionellen Förderung des SOEP unter dem Dach der Leibniz-Gemeinschaft. 2009 würdigte der Wissenschaftsrat das Sozio-oekonomische Panel als eine der wichtigsten Forschungsinfrastrukturen im Bereich der Sozial-, Wirtschafts- und Verhaltenswissenschaften.
2012 wurde das DIW Berlin erfolgreich durch die Leibniz-Gemeinschaft evaluiert. Die „forschungsbasierte Infrastruktureinrichtung SOEP“ wurde dabei mit der Note „exzellent“ bewertet.